По легендарным сведениям XVIII века, в мавзолее захоронен прах ветхозаветного библейского пророка Данияра (Даниила), останки которого были привезены в Самарканд и захоронены среднеазиатским средневековым полководцем и завоевателем Амиром Тимуром (Тамерланом). Нынешнее здание мавзолея и комплекс были построены в самом начале XX века, в последующие годы само здание мавзолея и комплекс несколько раз были реконструированы.

Мавзолей и комплекс Ходжа Дониёр расположены в северо-восточной части города Самарканд, в северо-восточной окраине древнего городища Афрасиаб, на небольшой возвышенности, вблизи берега небольшой реки Сиаб.

Согласно исторической книге «Самария» среднеазиатского историка Абу Тахирходжи Самарканди, пророк Дониёр (Данияр) являлся одним из сподвижников исламского арабского проповедника Кусама ибн Аббаса, который сыграл ключевую роль в насаждении ислама в Самарканде и его окрестностях. В христианстве пророк Даниил — один из так называемых «великих пророков», автор одной из ветхозаветных библейских книг — книги Даниила. В иудаизме Даниель также один из почитаемых пророков.